Shut Down, il terzo appuntamento con la quarta stagione di Prison Break, vede il nostro gruppo di ex-fuggitivi alle prese con il tentativo di ritrovamento delle cinque schede che restano per individuare il database della Compagnia. Grazie al rintracciamento del PDA di Tuxhorn, colui cioè che custodiva la scheda rubata precedentemente da Scofield e compagni, il gruppo riesce ad impossessarsi di una serie di informazioni estremamente utili all'obiettivo: decifrando alcune e-mail si scopre che il Custode ha un importante appuntamento che riguarda Scylla; a causa di un problema tecnico, però, Roland non è in grado di scaricare le restanti e-mail utili per comprendere il luogo dell'incontro. Impartendo una piccola lezione d'informatica, l'hacker spiega che le e-mail, prima di arrivare al destinatario, rimbalzano fra vari server e dovunque esse passano lasciano una sorta di file ombra; basandosi sulla geografia egli sostiene che le informazioni mancanti possono trovarsi presso una server farm ad Anheim ed è qui, dunque, che la squadra si reca per cercare di reperire i dati.
La solita destrezza di Michael la fa da padrone anche in questo caso e, nonostante una serie di avversità (l'edificio sorvegliato da un guardiano poco incline a farsi ingannare da Sara, il segnale d'allarme che blocca dentro alla stanza del server Scofield e Roland) l'hacker riesce ad appropriarsi delle restanti e-mail, le quali sono però apparentemente impossibili da decifrare.
Contemporaneamente, negli uffici della Sicurezza Nazionale, la situazione si fa sempre più tesa: i piani di Don Self, colui cioè che gestisce "l'operazione Scylla", vengono contrastati dai superiori che ordinano l'immediata sospensione della missione. L'agente si trova così costretto ad abbandonare i suoi piani, ciò comporta l'arresto dell'intero gruppo di fuggitivi i quali, ricordiamolo, sono pur sempre dei ricercati. I fratelli, avvisati da Sucre e Bellick del pericolo, scappano assieme a Sara e Mahone.
Durante la fuga il geniale Michael ha un'illuminazione e riesce a decifrare le e-mail di Tuxhorn, individuando il luogo nel quale avverrà l'incontro con la Compagnia: una centrale elettrica a Newport Beach. Qui i quattro si recano per cercare di far luce sul misterioso appuntamento ma Don Self li raggiunge e li arresta, con la sola eccezione di Scofiled, il quale riesce a scappare.
Michael spia la conversazione tra Tuxhorn e il generale, colui che ormai si direbbe essere il capo della Compagnia. Ciò che emerge non è molto chiaro, pare che ci sia sotto un piano che coinvolge una sorta di prova, forse degli esperimenti, in Laos. Scofield riesce incredibilmente a filmare con il cellulare non solo il colloquio tra i due ma, a sorpresa, l'intero meeting che coinvolge tutti i sei Custodi delle schede. Mostra il video a Don Self, il quale si vede costretto a liberare il resto del gruppo, in modo da riaprire le indagini e portare a termine il piano.
Mahone, disperato per la perdita del figlio, chiede aiuto alla sua vecchia socia Lang per trovare gli assassini del bambino. Lincoln, pur conservando un certo astio nei confronti dell'ex agente dell'FBI, comprende il dolore dell'uomo e gli offre il suo aiuto. Una stretta di mano sancisce la pace e la solidarietà.
Contemporaneamente seguiamo T-Bag nel suo bivacco in un appartamento che, probabilmente, doveva servire a Whistler per qualcosa che ancora non è molto chiaro. Sappiamo solo che è coinvolta una società chiamata Gate, gestita da un certo Gregory White.
Intanto l'agente della Compagnia cerca di estorcere da Bruce, l'amico di Sara, informazioni riguardanti il luogo nel quale i fratelli sono nascosti. Dopo un lungo interrogatorio, a base di punture narcotizzanti, l'uomo non riesce a restringere il campo oltre a Los Angeles.